После усновки сертификата в соответствии с http://askubuntu.com/questions/73287/how-do-i-install-a-root-certificate получается вот такая штука:
dmitriano@london:~/temp$ wget https://pechat.developernote.com --2014-07-02 16:54:42-- https://pechat.developernote.com/ Resolving pechat.developernote.com (pechat.developernote.com)... 127.0.0.1 Connecting to pechat.developernote.com (pechat.developernote.com)|127.0.0.1|:443... connected. ERROR: certificate common name `milomag.ru' doesn't match requested host name `pechat.developernote.com'. To connect to pechat.developernote.com insecurely, use `--no-check-certificate'. dmitriano@london:~/temp$ wget https://milomag.ru/administrator --2014-07-02 16:54:50-- https://milomag.ru/administrator Resolving milomag.ru (milomag.ru)... 127.0.0.1 Connecting to milomag.ru (milomag.ru)|127.0.0.1|:443... connected. ERROR: certificate common name is invalid (contains a NUL character). This may be an indication that the host is not who it claims to be (that is, it is not the real `milomag.ru'). To connect to milomag.ru insecurely, use `--no-check-certificate'.
Похоже wget и php curl не очень хорошо понимает multidomain certificates, см https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=447266. Если приписать commonName, то работает для этого commonName wget работает нормально, но при этом игнорируются 1.CN, 2.CN …