vmSef лекго устанавливается и настраивается, но внутри он устроен достаточно хитро.
Он копирует файл plugins/system/vmsefr.php в components/com_virtuemart/router.php, а потом каждый раз проверяет есть он там или нет, и если нет, то выдаёт сообщение «vmSef cannot be installed». Более того, router.php удаляет сам себя, если плагин отключен (disabled). Я у себя всё это копирование закомментировал и удалил все лишние файлы, остались только plugins/system/vmsefr.php, plugins/system/vmsefr.xml и components/com_virtuemart/router.php.
Теперь, чтобы выключить плагин, надо вручную удалить или переименовать файл components/com_virtuemart/router.php.