Для перезагрузки через удаленный рабочий стол под Windows XP/Vista/7 можно выполнить команду:

shutdown -t 0 -r -f

ноль после -t означает перезагрузка в течении ноля секунд, -r перезагрузка а не выключение, -f выключает все запущенные приложения.

Команду можно запускать через Пуск->Выполнить: