для 301 перенаправления всех зеркал на главное и заодно для удаления www из url-а можно написать в .htaccess вот такую штуку:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mirror1.ru$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mirror2.ru$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.main-mirror.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://main-mirror.ru/$1 [R=301,L]

У Joomla есть свой .htaccess, но если добавить эти правила сразу после строчки «RewriteEngine On» и перед правилами Joomla, то всё нормально работает. Вот что получается:

...
##  Can be commented out if causes errors, see notes above.
Options +FollowSymLinks

#
#  mod_rewrite in use

RewriteEngine On

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mirror1.ru$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mirror2.ru$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.main-mirror.ru$ [NC]
########## Begin - Rewrite rules to block out some common exploits
## If you experience problems on your site block out the operations listed below
## This attempts to block the most common type of exploit `attempts` to Joomla!
...

проверить как работает редирект можно здесь.

Для Яндекса также можно прописать главное зеркало через дерективу Host, в соответствии с этими правилами.