заходим в wp-content/themes/<имя темы>/, у меня там, например:

comments.php
comments-popup.php
footer.php
functions.php
header.php
index.php
rtl.css
screenshot.png
sidebar.php
style.css

в footer.php перед закрывающим тегом body добавляем код счетчика, в результате чего счетчик отрабатывает для каждой страницы сайта, при этом остаётся незаметным для пользователя.

Хотя, возможно, есть какие-то более правильные способы или специальные плагины. Плагин «Add Post URL» для этого не подходит, так как вставляет параграфы (теги /p).

Кстати код счетчика обязательно должен быть на каждой странице сайта, иначе счетчик работать не будет.

Есть ещё плагин, который добавляет Yandex Search, но похоже, только в Side Bar.

Вот тут рекомендуется делать так же, кроме того можно использовать WordPress Analytics plugin.