Блог в котором есть много интересной информации…
вроде надо прописать UseEncoding в proftpd.conf:
sudo gedit /etc/proftpd/proftpd.conf
<IfModule mod_lang.c>
LangEngine on
UseEncoding utf8 cp1251
</IfModule>
и потом рестартим FTP:
sudo /etc/init.d/proftpd restart