Оказывается зашифровать флешку, как и любой другой диск, под Windows очень просто. Открываем проводник, жмем правую кнопку мыши на любом диске и включаем BitLocker:

потом вводим пароль и запускаем процесс шифрования:

теперь Windows спрашивает пароль при подключении флешки: