Похоже что новый Dotfuscator должен поддерживать WPF, см статьи на сайте разработчика:

• Dotfuscator 4.7.1000 with WPF obfuscation support
• Dotfuscator 4.8.1000 with XAML obfuscation support

Но Dotfuscator, который входит в состав MS Visual Studio 2010, WPF полностью не поддерживает. Например, в моём проекте, есть окно с CommandBindings:

<Window ...>
    <Window.CommandBindings>
        <CommandBinding Command="{x:Static local:MainWindow.TextFilterCommand}" Executed="ExecuteTextFilter" CanExecute="CanTextFilter" />
        <CommandBinding Command="{x:Static local:MainWindow.ClearTextFilterCommand}" Executed="ExecuteClearTextFilter" CanExecute="CanClearTextFilter" />
        <CommandBinding Command="{x:Static local:MainWindow.TextFilterUseRegexCommand}" Executed="ExecuteTextFilterUseRegex" CanExecute="CanAlwaysTrue" />
    </Window.CommandBindings>
    <Window.InputBindings>
        <KeyBinding Key="R" Modifiers="Ctrl" Command="{x:Static local:MainWindow.TextFilterUseRegexCommand}" />
    </Window.InputBindings>
    ...
</Window>

так вот для них в проекте Dotfuscator-а пришлось явно прописывать исключения:

после чего всё заработало, хотя, как видно, CE не умеет переименовывать Generic Classes.