оказывается, что сделать это очень просто, надо просто взять и прописать в файле /etc/tomcat6/tomcat-users.xml нового юзера:

<tomcat-users>
  <role rolename="admin"/>
  <role rolename="manager"/>
  <user username="admin" password="mypassword" roles="admin,manager"/>
<!--
  <role rolename="tomcat"/>
  <role rolename="role1"/>
  <user username="tomcat" password="tomcat" roles="tomcat"/>
  <user username="both" password="tomcat" roles="tomcat,role1"/>
  <user username="role1" password="tomcat" roles="role1"/>
-->
</tomcat-users>

и потом зарестартить Tomcat:

sudo /etc/init.d/tomcat6 restart