Для того, чтобы сделать brush не прозрачным надо его селектировать, затем создать под ним новый Layer и залить выделенную область белым цветом через Edit->Fill. Вот этот зеленый цветок хорошо селектируется через Select->Color Range:
А вот с этим бело-зеленым уже сложнее:
Можно конечно сохранить его в растровом виде и потом удалить фон через Magic Eraser Tool, но получается тоже кривовато:
видимо не всё brush-ы одинаково хорошоши. Если увеличить изображение цветка сделанное этой кистью, то получатется вот такая штука:
Вот что получается с другой кистью через Quick Mask Mode (Q):
